Çağrı Beyin, 1060’ta vefâtına kadar, ortak iktidar sistemine göre hareket edilmesine rağmen, devleti temsil yetkisi Tuğrul Beye âitti. Tuğrul Bey hükümdarlığını ve Selçukluları maddî güçlerle kuvvetlendirdiği gibi mânevî olarak da Halîfe, âlim ve tasavvuf ehlinden destek alıyordu. Tebaasının refah seviyesini yükseltip, orduyu askerî sisteme göre teşkilâtlandırıyordu. 1040 Dandanakan Zaferi ve 1043’te devlet merkezini Rey’e taşıması sebebiyle, Bağdat’taki Abbâsi Halîfesi El-Kaim’e tekrar bağlılığını arz etti. Tuğrul Beyin Abbasî Halîfesiyle münâsebeti, Sünnî İslâm dünyasında büyük îtibâr kazanmasına sebep oldu. Halîfe El-Kaim, Tuğrul Beyin yanına; büyük İslâm âlimlerinden olup, sosyal ve devlet idâresi hakkında Ahkâm-üs-Sultâniye isimli eserin sâhibi olan Maverdî’yi gönderdi. Tuğrul Bey, ülkesinde hutbeyi, Abbasî Halîfesi adına okuttu; halîfenin zâlim Büveyhîler ve âsîlere karşı yardım talebini kabul etti. Halîfeye bildirdiği arz; samimiyetinin ve temiz itikadının ifâdesi olup, şunları ihtivâ ediyordu: Halîfeye hizmet etmek şerefine kavuşmak, Mekke’de Hac yapmak ve Hac yollarını Bedevîlerin taarruzundan korumak, Suriye ve Mısır’da Fâtimîlerle harp etmektir. 1055’te Bağdat’a gelip, hutbede adı okundu. Selçuklu Hânedanı ile Abbasîler arasında evlenmeler münâsebetiyle akrabalık kuruldu. Halîfe, Çağrı Beyin kızı Hatice Arslan Hatun ile 1056’da evlendi. Tuğrul Bey de, Halîfe’nin kızı ile 1062’de muhteşem bir düğün merâsimiyle evlendi. Bağdat’tayken zâlim Büveyhîler ve sapık Fâtimîlere karşı mücâdele edip, Musul ve bölgede Selçuklu hâkimiyetini tesis etti. Büveyhli hükümdarını öldürerek, Bağdat ve Sünnî âlemini katliam ve tahripten korudu. Selçukluların batısındaki Bizans ülkelerine, fetih harekâtı ve akınlarında bulundu. Erzurum Hasankale’ye gelip, Malazgirt’i fethetmek istediyse de kışın yaklaşması üzerine, baharda gelmek üzere kuşatmayı kaldırdı. Tuğrul Bey, hâkimiyet ve tahrik sebebiyle kendine âsî olan üvey kardeşi İbrâhim Yınal’ın isyânını 1058’de bastırıp, onu cezâlandırdı.